病虫害的防治是有机蔬菜种植中的难点和重点。要想摆脱长期以来对化学合成农药的依赖，必须综合运用各种防治措施，来预防和防治各种病虫害。

1)农业防治：利用植物本身抗性和栽培措施控制病虫的发生和发展，主要措施有：选用抗性强、适合当地种植条件的非转基因品种；使用嫁接、轮作、间作技术，打乱病原菌和虫卵的生活规律，提高蔬菜自身抵抗力；深耕松土，冬天翻土杀死越冬害虫。

2)物理防治：利用遮阳网、防虫网阻止害虫的侵入和产卵；安装频振式杀虫灯、诱色纸等；育苗时在苗床上方悬挂银灰色反光塑料薄膜，可避蚜；在温室悬挂黄色粘板，诱杀白粉虱、美洲潜斑蝇、有翅蚜；可人工摘除斜或用水冲刷纹夜蛾等卵块。

3)生物防治：利用有益微生物进行病虫害防治。在农事活动中，保护利用自然天敌，或人工繁殖、释放、引进捕食性天敌。

4）药物防治：利用植物制剂和微生物制剂防治病虫害。